مدرسه علمیه عالی نواب اولین مرکز تخصصی حوزه علمیه خراسان است که از سال 1380ش، به برگزاری رشته های تخصصی در مقطع سطح دو و سه اقدام نموده است. طلاب محترم می توانند در رشته‌های تخصصی فقه و اصول و فقه و حقوق در یک دوره 5 ساله و در رشته‌های تخصصی ادبیات عرب، کلام اسلامی، فلسفه و کلام اسلامی و مشاوره با رویکرد اسلامی در یک دوره 4 ساله به صورت پیوسته در این مدرسه، تحصیل نمایند.  بعد از گذراندن تمامی واحد‌های درسی رشته و تدوین پایان‌نامه، مدرک تخصصی سطح ۳ به طلاب محترم اعطاء می گردد. ضمنا امکان دریافت مدرک عمومی سطح دو فقه و اصول، بعد از اتمام دروس سطح سه (قبل از تدوین پایان‌نامه)، فراهم می باشد.