در پی تشدید نارضایتی رژیم شاه از اعتراضات طلاب در مراسم تشییع جنازه شیخ احمد کافی، نیروهای امنیتی و کماندوهای دولتی در غروب 30 تیر ۱۳۵۷ به مدرسه علمیه نواب مشهد یورش بردند. این حمله بی‌رحمانه، با تخریب گسترده اموال، ضرب و شتم شدید طلاب و به آتش کشیدن کتابخانه همراه بود و خسارات جبران‌ناپذیری به این مرکز مهم علمی وارد آورد.
مأموران مسلح پس از ورود به مدرسه، به حجره‌های طلاب هجوم بردند و اثاثیه و وسایل شخصی آنان را غارت کردند. شاهدان عینی گزارش داده‌اند که تعدادی از طلاب از طبقات بالا به صحن مدرسه پرتاب شده و شمار زیادی (حدود 93 تن) مجروح و حتی با نقص عضو همراه شدند.
در پی این فاجعه، استانداری وقت خراسان، به دستور حکومت پهلوی، مدرسه را پلمپ و تعطیل کرد. این حادثه به سرعت یادآور رویدادهای خونین مدرسه فیضیه قم در سال‌های گذشته شد که آن نیز با سرکوب وحشیانه طلاب توسط حکومت پهلوی همراه بود.
این اقدام خشونت‌آمیز، خشم عمومی را به شدت شعله‌ور ساخت. در واکنش به این جنایت، امام خمینی (ره) و نیز گروهی از علمای حوزه علمیه مشهد با انتشار اعلامیه‌ای رسمی، کشتار مردم در مراسم تشییع جنازه و حمله به مدرسه نواب را به شدت محکوم کردند.
پس از آن حجت الاسلام سیدعبدالکریم هاشمی نژاد با برگزاری چندین سخنرانی در این مدرسه تهاجم مأموران حکومتی به مدرسه نواب را محکوم و در مخالفت با رژیم مطالبی بیان داشت. در روز ۱۲ شهریور ۱۳۵۷ مردم مشهد با اجتماع در خیابان نادری (شیرازی فعلی) به مناسبت چهلمین روز واقعه مدرسه علمیه نواب پس از تجمع در منزل آیت الله سیدعبدالله شیرازی به همراه ایشان و عده ای دیگر از علما به مدرسه نواب رفته و با سخنرانی حجت الاسلام هاشمی نژاد مجلسی به این مناسبت برپا نمودند.
